V dalším pokračování Labyrintu čelí Thomas a jeho kamarádi zatím největší výzvě: hledají informace o tajemné a mocné organizaci známé jako W.C.K.D. Jejich cesta je zavede do Spáleniště, pusté krajiny plné jen stěží uvěřitelných překážek, kde se spojí s bojovníky odporu, zasáhnou vrchní velení W.C.K.D. a odhalí šokující plány, které na ně byly přichystány.